En el año 2000, la organización internacional WWF estaba desarrollando el programa “Living Waters”, en donde resaltaba la importancia de los cuerpos de agua y, especialmente, de grandes ríos como el Amazonas y el Orinoco.
 
Asimismo, el trabajo que hasta el momento había desarrollado la Fundación Omacha con los delfines de río y las problemática a su alrededor, llevó a estos dos proyectos a coincidir en un punto en común: los delfines de río podía ser una excelente oportunidad para promover la conservación de los grandes ríos de Suramérica y Asia.
 
Para el año 2005, se fortalece la alianza con WWF para desarrollar un programa de conservación de los delfines de río en Suramérica. Este programa desarrolla proyectos de estimaciones de abundancia en 6 países de América Latina: Venezuela, Colombia, Perú, Ecuador, Bolivia y Brasil. Se ha recorrido más de 8 mil kilómetros de ríos, y se han capacitado más de 150 investigadores de estos mismos países. Como resultado de esta etapa, se generó el primer «Plan de acción para la conservación de los delfines de río, en Sudamérica», documento que es avalado por la IUCN, International Union for Conservation of Nature, y a partir de este plan se han desarrollado planes de acción nacionales en Bolivia (ya publicado), en Ecuador (próximo a publicarse), en Perú (en proceso de publicación) y en Colombia (próximo a publicarse). 
 
La alianza también ha trabajado en el tema de la contaminación con mercurio en grandes ríos, y se ha fortalecido con el trabajo en conjunto con el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y la Fundación La Salle de Ciencias Naturales, de Venezuela, para desarrollar un portafolio de áreas de conservación prioritarias en toda la cuenca del Orinoco, el cual ha logrado identificar 21 áreas colombianas y venezolanas que necesitan procesos de conservación. 
 
Actualmente, la alianza entre Omacha y WWF trabaja en evaluaciones biológicas en Casanare y en la altillanura para identificar áreas de alto valor de conservación. De la misma manera, se está consolidando un trabajo de conservación con una especie emblemática de los llanos: el jaguar y así lograr, como gran objetivo, la conservación de ecosistemas críticos en la Amazonia y Orinoquia.
 
Esta alianza espera que, por medio de la conservación de los delfines de río y de los jaguares, se consoliden iniciativas de conservación en estas dos regiones.