La Fundación Omacha, a partir del año 1994, realizó estudios sobre delfines costeros (Tursiops truncatus) y (Sotalia guianensis), en la zona del golfo de Morrosquillo, para evaluar su distribución y el uso de hábitat y el comportamiento en el Golfo.
Por otra parte, entre el año 2002 y el año 2003, se realizó una labor de acompañamiento a la comunidad de la Ciénaga de Paredes en el departamento de Santander, donde los manatíes (Trichechus manatus) se encuentran en peligro de sufrir varamientos o estancamientos a orillas de la Ciénaga, cuando el nivel de agua disminuye en la época de verano. Esta labor tuvo dos componentes: uno de investigación y observación a los animales, tomando la mayor cantidad de datos, y otro componente netamente social donde se dictaron charlas y se realizaron talleres,en las poblaciones aledañas a la ciénaga. En estas dos actividades se recolectó información y se compartió el conocimiento de las investigadoras de la fundación sobre la especie.
Así mismo, en el 2003, se apoyo y asesoró la realización de una tesis de grado en la cual se recolectó información sobre la distribución del manatí y sus preferencias alimenticias, en la zona de la Depresión Momposina. Al mismo tiempo, se realizó un trabajo social en el cual se compartió información sobre el conocimiento tradicional y las posibles soluciones al problema de pesca incidental de animales en el área.
Por otra parte, desde ese mismo año y a través de convenios con la Corporación Autónoma Regional de los Valles del Sinú y del San Jorge (CVS) y Conservación Internacional, la Fundación Omacha ejecuta proyectos de conservación y manejo de las especies en vía de extinción, como los manatíes y las nutrias; formulando planes de manejo e implementándolos a través de los años. Actualmente, la fundación ejecuta cinco convenios con la CVS entre los que se contemplan el manejo de estaciones piscícolas, el Centro de Atención y Valoración de Fauna Silvestre (CAV), la campaña de salvafauna y la implementación de los planes de manejo de tres Distritos de Manejo Integrado (Ayapel, Bajo Sinú y Cispatá).
Así mismo, trabajó en el manejo de áreas protegidas en convenio con PNN y CORPAMAG, en el Vía Parque Isla de Salamaca; y en la zona de preservación de Caño Salado en el Golfo de Morrosquillo en Convenio con PNN y Conservación Internacional. También se trabajó en la actualización de información de la Unidad Ambiental Costero Marina Río Sinú y Golfo de Morrosquillo, en convenio con el INVEMAR.
Para continuar el trabajo con los manatíes, en el año 2005, la fundación en conjunto con el Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial, trabajó en la elaboración y publicación del “Programa Nacional de Manejo y Conservación de los Manatíes en Colombia”, labor que revela una línea de trabajo con dos especies consideradas claves en la conservación de los humedales, especialmente en la Amazonía y la Orinoquia para la especie Trichechus inunguis, y en el Caribe para la especie Trichechus manatus.