Nuestro trabajo ha sido reconocido y premiado a nivel nacional e internacional:
Segundo puesto en el Premio a la Protección del Medio Ambiente, Fundación Omacha, 2014
Con el Proyecto Manatí, la Fundación Omacha recibió el segundo lugar en la categoría Organizaciones Privadas/Fundaciones, del premio Caracol Televisión a la Protección del Medio Ambiente 2014.
Premio El Colombiano Ejemplar, Fundación Omacha, categoría medio ambiente – 2009
"El Colombiano Ejemplar" es un proyecto creativo que contribuye al desarrollo de un prototipo de colombiano. Es un premio de carácter cívico y altruista. Es, además, una invitación constante a que lectores y comunidades destaquen los valores nacionales.
Whitley Gold Award Winner – 2007
Fernando Trujillo, director científico de Fundación Omacha, fue el orgulloso ganador del "Whitley Gold Award – 2007" por su trabajo, y el del equipo de investigadores de la fundación, con los delfines de río (especie en peligro), la relación de estos animales con las comunidades humanas de la cuenca amazónica y los esfuerzos en conjunto para frenar las amenazas sobre estos mamíferos acuáticos.
Reconocimiento Comunidad Andina y Ministerio del Medio Ambiente de España – 2006
Reconocimiento por el desarrollo de iniciativas que contribuyen a la implementación de la Estrategia Regional de Biodiversidad de los Países del Trópico Andino. Comunidad Andina y Ministerio del Medio Ambiente de España. Lima, Perú.
Nominación en la categoría «The Most Outstanding research Conservation of Endangered Species» – 2001
BBC. Londres, diciembre de 2001
The Susan Shane Award – 2000
The Rolex Award for Enterprise – 1999
Nominación al premio en la categoría conservación.